La Hacienda Foral de Navarra funciona con independencia de la del estado. De todas formas, como en el estado, la declaración del Impuesto sobre la Renta de las Personas Físicas, tiene un apartado en el que el contribuyente debe elegir entre destinar un porcentaje de sus impuestos a la Iglesia o a otros fines de interés social. El Defensor del Pueblo de Navarra, a petición de Organizaciones no Gubernamentales ha puesto de manifiesto que en Navarra no existe una partida específica, de manera que ese porcentaje, cuyo destino supuestamente podemos elegir, va a engrosar el conjunto de los ingresos de la Hacienda Foral.
Lo mas llamativo es que los ciudadanos somos tan confiados que, aunque este comportamiento se produce desde hace más de veinte años, nadie lo había puesto de manifiesto hasta ahora.